Die zivile Luftfahrt in der Schweiz ging bis zum Januar 1919 zurück. Mehrere kleine Aktivitäten die von Luftfahrtenthusiasten durchgeführt wurden, waren von den schweizer Behörden außerdem subventioniert. Hierbei entstanden durch Fusionen zum einen Ad Astra Aero und zum anderen Balair.
Als die Mittel zum 30. Mai 1930 gestrichen wurden, zwang man die kleinen Gesellschaften zu einer engen Zusammenarbeit. Wirtschaftliche Überlegungen führten letztendlich zur Fusion von Ad Astra Aero und Balair zur Schweizerische Luftverkehrs AG, kurz Swissair.
Das Gründungsdatum wird mit dem 26. März 1931 angegeben, aber das juristische Geburtsdatum ist der 1. Januar 1931, da sich beide Gesellschaften auf eine Rückdatierung einigten.
Der anfängliche Flugzeugpark bestand unter anderen aus Fokker VII und Dornier Merkur. Schon ein Jahr später führte Swissair die Lockheed Orion ein, womit man das Streckennetz bis nach Wien erweiterte.
Schon 1936 kamen Douglas DC-2 die letztendlich auf allen Swissairrouten eingesetzt wurden. Inzwischen bediente man auch regelmäßig Berlin, Leipzig, Stuttgart und London. Die DC-3 gelangte ab 1937 zur Swissair.
Während des Krieges kamen die Aktivitäten der Gesellschaft praktisch zum erliegen, obwohl einige Flüge registriert und 1940 sogar eine neue Strecke nach Rom eröffnet wurde.
Mit dem Zulauf von Douglas DC-4 wurde am 2. Mai 1947 der erste Atlantikflug nach New York getätigt. Flüge nach Südafrika und in den Nahen Osten kamen hinzu als DC-6 und DC-7, sowie die strahlgetriebenen Caravelle zur Flotte stießen. Nahe Ziele konnten mit CV-440 abgedeckt werden.
1953 wurde das Tochterunternehmen Balair gegründet.
Inzwischen flog Swissair auch über den Südatlantik und den fernen Osten. Möglich wurde dieses durch die Einführung von Douglas DC-8 und Convair Coronado. Im Europaverkehr konnten SE-210 Caravelle und später Douglas DC-9 alle Propliner ersetzen.
Hier sei noch erwähnt, dass Swissair zwischen 1961 und 1962 zwei CV-880 einsetzte, diese aber durch CV-990 ersetzte.
Mit KLM, SAS und UTA pflegte man eine enge Zusammenarbeit die letztendlich in das sogenannte KSSU-Abkommen gipfelte. Dieser Vertrag sah die Standardisierung und den Einsatz von Großraumjets vor, die in den einzelnen Flotten problemlos ausgetauscht werden konnten.
1971 war es dann soweit, die ersten Boeing B-747 trafen ein, gefolgt von Douglas DC-10 ein Jahr später. CTA wurde als zweites Tochterunternehmen 1978 gegründet und hatte ebenfalls den Charterbetrieb sicherzustellen.
In den achtziger Jahren dachte man über eine erheblich Flottenmodernisierung nach und so war Swissair Launch Customer der B-747-300 und des Airbus A-310.
Weiterhin wollte man die Fokker-100 und die Douglas Maschinen durch Airbusse und MD-11 ersetzen. Swissair war die erste Gesellschaft in Europa die die A-319, A-320 und A-321 gleichzeitig einsetzte.
Ab 1995 beteiligte sich der schweizer Staatscarrier mit 49.7 % an der belgischen Sabena, wobei die Zusammenarbeit in regelrechten Verflechtungen beider Gesellschaften endete.
Swissair, Crossair und Sabena gründeten 1997 eine Dachorganisation namens SAir Group. Sie nahm erheblichen Einfluss auf alle Zweige der Unternehmen, welche einen entscheidenen Anteil am Untergang der Swissair und Sabena haben sollte.
Im Frühjahr 1997 wurde die Balair Charter Leisure AG als Tochterunternehmen gegründet.
1998 kamen Airbusse vom Typ A-330, die die MD-11 unterstützen und letztendlich ablösen sollten.
Im gleichen Jahr gründete man mit der Austrian, Sabena, TAP, Türkish Airlines, Crossair, Air Littoral und AOM die Qualiflyer Group.
1999 wurde die Beteiligung an Sabena auf 85% aufgestockt und eine Beteiligung an TAP und Portugalia angestrebt. Hier bahnten sich jedoch Probleme an die einfach nicht in den Griff zu bekommen waren. Alle Gesellschaften an denen sich Swissair beteiligte, so auch an LTU, Volare, SAA, AOM, Cargolux, LOT, Air Europe waren defizitär und verschlangen Unsummen an Geld. Zu allem Übel kündigte Delta Air Lines die Zusammenarbeit, da sie sich mit Air France zum Sky Team zusammenschloss.
Im Jahr 2000 schrieb Swissair mit 2,885 Mrd. Sfr tiefrote Zahlen. Die Folge waren mehrfache Führungswechsel und der Rücktritt des Verwaltungsrates. Die Anschläge am 11.9.2001 führten weltweit zu Einbrüchen der Passagierzahlen und trug zur Verschärfung der Krise bei Swissair bei.
Anfang Oktober wurde die SAir Group für zahlungsunfähig erklärt. Trotz verstärktem Einsatz, Crossair und die Banken zur Rettung von Swissair heranzuziehen, wurde Swissair am 2.10.2001 gegroundet.
Durch einen Notkredit nahm man den Flugbetrieb in stark eingeschränkter Form am 5.10. wieder auf, jedoch war der Bankrott nicht mehr abzuwenden.
Am 1.4.2002 wurde der letzte Swissairflug getätigt.