Am 20.1.1997 gründete Japan Air System eine Tochtergesellschaft Namens Harlequin Air.
Sie sollte im sogenannten Ad Hoc Charterbetrieb tätig werden und war am Airport in Fukuoka ansässig.
Mit einer McDonnell Douglas MD-81 und einer DC-10 nahm man im selben Jahr den Flugbetrieb auf.
Vom Heimatflughafen bediente man im Inland die Städte Miyazaki, Nagoya, Osaka, Sapporo, Kagoshima, Okinawa, Sendai, Hokkaido, Matsuyama und Tokio.
Im Ausland zählte Brisbane und Sydney zu den ersten Charterzielen, gefolgt von Hong Kong, Chistchurch,  Guangzhou, Kunming, Paris CDG und Vancouver.
Am 2.10.2002 fusionierte JAS mit der alten JAL, doch bevor alle Steine aus dem Weg geräumt waren vergingen noch einige Jahre, wo auch Harlequin Air unangetastet blieb.
Im April 2005 war die Fusion beider Airlines soweit fortgeschritten, dass Harlequin Air in die neue JAL Group integriert wurde.