Am 1.1.1993 schloss sich Balair und CTA auf Beschluss der Swissair Gruppe zur BalairCTA zusammen.
Gravierende Einsparungen im Personalwesen und Umbesetzung der Crews im Cockpit sollten den Charterbereich in die Gewinnzone bringen.
Um die Verschmelzung sauber über die Bühne zu bekommen verblieb das Rechtsdomizil in Genf und die Basis in Zürich.
Mit insgesamt fünfzehn Flugzeugen, eine McDonnell Douglas MD-81, je drei MD-82 und MD-83 und je vier MD-87 und Airbus A-310 übernahm man die Strecken der Vorläufergesellschaften.
Nach hohen Verlusten im Jahr 1994 entschied die SAir Group BalairCTA wieder aufzulösen, was am 1.11.1995 in die Tat umgesetzt wurde.
Einige MD-81/-82/-83 gingen an Crossair, die MD-87 wurden verkauft und die A-310 übernahm Swissair.