Die „alte“ AirTran wurde am 18.11.1997 von Valujet aufgekauft. Von dieser Gesellschaft wurden dreiundvierzig Douglas DC-9-32 aus eigenen Beständen eingegliedert.
Bis die Fusion beider Airlines zum 01.06.1998 vollzogen war, wurden die Streckennetze zusammengelegt, die Corporate ID geändert und damit angefangen die Boeing B-737-200 abzustoßen.
Der Name Valujet wurde bedingt von den überschatteten Negativschlagzeilen zu Gunsten des „neuen“ Namens AirTran aufgegeben.
Man setzte von Anfang an auf Sicherheit und kommunizierte diesen Umstand nach außen. Die Rechnung ging auf und man gelangte schon kurz nach der Fusion in die Gewinnzone.
1999 konnte die ersten, noch von Valujet bestellten MD-95, welche jetzt Boeing-717 hießen, übernommen werden.
Von diesem Flugzeugtyp hatte AirTran letztendlich neunundachtzig Maschinen im Bestand.
Sie wurden nicht nur neu, sondern auch gebraucht, z.B. von TWA (durch Konkurs 2001) aufgekauft.
Da die B-717 jedoch nicht die Reichweite besaß, welche AirTran für ihr gewachsenes Streckennetz benötigte, lieh man sich kurzzeitig Airbus A-320, welche dann ab 2004 durch Boeing B-737-700 ersetzte. Von diesem Flugzeugtyp besaß die Airline letztendlich 62 Maschinen.
AirTran entwickelte sich zur drittgrößten Low Cost Airline in den USA.
Seit 2010 führte das Management Gespräche einer möglich Fusion mit Southwest Airlines, welche positiv verliefen.
Mit einem Kaufpreis von 1,4 Milliarden Dollar und der Genehmigung der Behörden wurde AirTran bis zum 28.12.2014 vollständig in Southwest integriert, wobei der Name AirTran verschwand.
Die B-717 wurden schrittweise ausgemustert, jedoch verblieben die B-737-700 in der Flotte von Southwest.