1947 in Miami gegründet und mit Curtiss C-46 tätig, entwickelte sich Southern, neben FTL und Seaboard zu einer der Großen im Frachtgeschäft.
Zuerst regelmäßig in der Karibik im Einsatz, weitete die Gesellschaft mit Zuführung von weiteren Frachtflugzeugen, wie der Douglas DC-3 und DC-6, sowie der Lockheed L-100 ihr Streckennetz beträchtlich aus.
Im Vietnamkrieg flog man für die Regierung und für das MAC. Als in den siebziger Jahren Boeing B-707 und Douglas DC-8 zur Flotte stießen konnte sich Southern Air Transport damit rühmen, weltweit aktiv zu sein.
Anfang der Neunziger wurden die ersten Boeing B-747 F eingesetzt, zu einer Zeit wo Southern Air Transport finanziell stark angeschlagen war.
Stilllegungen einiger älterer Flugzeuge waren die Folge. Weiterhin führte man Gespräche mit anderen Airlines die eine mögliche Fusion zum Ziel hatten. Leider waren diese nicht vom Erfolg gekrönt und so musste Southern Air Transport am 25.9.1998 Konkurs anmelden und stellte zum 1.10.1998 alle Aktivitäten ein.
Die Brüder Neff kauften zu gleichen Teilen die Konkursmasse auf und strukturierten die alte Gesellschaft völlig um.
Am 10.3.1999 wurde eine Nachfolgegesellschaft mit dem Namen Southern Air gegründet, die im November des gleichen Jahres den Flugbetrieb aufnahm.