Alaska International Air übernahm im September 1980 die ebenfalls in Alaska ansässige Great Northern Airlines.
Der Name Markair wurde jedoch erst nach vollständigem Abschluss dieser Fusion am 1.3.1984 angenommen.
Zur gleichen Zeit, als die Namensänderung stattfand, stieg die Airline ins Passagiergeschäft ein. Für diesen Einsatz brauchte die Gesellschaft das passende Fluggerät, welches sie in der Boeing B-737-200 und später in den Serien -300 und -400 fand. Für ihre Zubringerdienste orderte die Gesellschaft bis zu 43 Cessnas und einige DHC-6 und Beech-1900.
Als sich Markair auf einen Preiskampf mit Alaska Airlines einließ, geriet sie in einen Strudel der für die Airline das Ende bedeutete. Bis zum vierten Quartal 1991 musste die Gesellschaft einige Hangars und ihre Hercules verkaufen. Ein Jahr stellte sich Markair unter dem Konkursschutz nach Chapter 11.
Kurz darauf verlagerte die Gesellschaft ihre Aktivitäten nach Denver, Markair Express verblieb jedoch in Anchorage angesiedelt.
Als Untersuchungen der FAA bei der Airline stattfanden wurden technische Mängel aufgedeckt, so dass sich die FAA gezwungen sah, Markair die Fluglizenz zu entziehen.
Am 14.4.1995 meldete Markair Bankrott an und stellte am 24.10. des gleichen Jahres alle Aktivitäten ein.