Maersk Air wurde von der dänischen Reederei A.P.Moeller-Maersk im Jahr 1969 gegründet.
Mit drei Fokker F-27 eröffnete man im Januar 1970 den Flugbetrieb.
Ab 1973 gelangten Schritt für Schritt insgesamt fünf Boeing B-720 zur Flotte die teilweise an andere Airlines vermietet wurden. Weiterhin setzte Maersk auf B-737 der zweiten Generation, die besser zu den Strecken der Gesellschaft passten.
Diese wurden später durch B-737-700 und Canadair CRJ-100 ergänzt, wobei die B-720 bis April 1981 ausgemustert wurden.
Am 1.9.1987 gründete A.P.Moeller-Maersk eine Frachtfluggesellschaft namens Star Air.
Zehn Jahre später wurde Maersk Helicopters ins Leben gerufen die bis 1999 mit Aerospatiale Super Puma und Dauphin 2 tätig war.
Am 30.6.2005 verkaufte man Maersk Air an die isländische Investmentfirma Fons Eignarhaldsfelag, die die Gesellschaft mit der ebenfalls zuvor gekauften Sterling European am 13.9.2005 zur Sterling Airlines A/S fusionierte.
Die Reederei A.P.Moeller-Maersk konzentrierte sich seit dem auf ihre Frachtgesellschaft Star Air die als Zusatz im Seitenleitwerk den Namenszug "Maersk" erhielt.
Eine Canadair CL-600-2B16 fliegt heute noch in den alten Farben der Maersk Air und wird aller Wahrscheinlichkeit nach als Firmenjet eingesetzt.