Kaliningrad Avia wurde 1992 gegründet und war in der damaligen Sowjetunion unter Vorherrschaft der Aeroflot tätig.
Hier übernahm sie die mehrfach am Tag betriebene Route von St.Petersburg nach Moskau.
Im Jahre 2002 wurde sie zur Aktiengesellschaft und nahm aber erst im Juni 2005 den Namen KD Avia an.
Bis zu diesem Zeitpunkt setzte die Gesellschaft vorwiegend russische Flugzeugtypen, wie die Tuploew TU-134 und TU-154 ein die nun durch 18 geleaste Boeing B-737-300 abgelöst wurden.
In dieser Zeit übernahm sie auch den Flughafen Chrabrowo bei Kaliningrad und nutzte diesen als Hub.
Natürlich war bis dahin das Streckennetz auf das russische Inland beschränkt, jedoch wurde schon frühzeitig Berlin-Tegel im Flugplan aufgenommen, gefolgt von anderen deutschen Metropolen und Hauptstädte Europas.
Ab Dezember 2007 zeigten sich massive Probleme bei KD Avia die durch die Wirtschaftskrise noch verschärft wurden.
Die für die Gesellschaft als zu hohe Wartungskosten empfundene Instandsetzung der Flugzeuge führte zu Streckenstilllegungen, da ein Drittel der Flotte nicht mehr betrieben werden konnte.
Trotzdem entschied man sich im darauffolgenden Jahr zu umfangreichen Flugzeugbestellungen bei Airbus.
Bis Ende 2008 verschärfte sich aber die schlechte Lage, so dass man bei der russischen Regierung um finanzielle Unterstützung bat.
Diese verlangte als Gegenleistung die Trennung vom eigenen Flughafen Chrabrowo.
Von da ab gab es nur KD Avia als reine Fluggesellschaft und die ausgelagerte Neugründung des Internationalen Flughafen Kaliningrad.
Weiterhin stellte man die Airline unter Kontrolle der Bank St. Petersburg.
Als ob das nicht schon genug war, gingen die KD Avia Mitarbeiter in einem Proteststreik.
Nachdem der Flugbetrieb am 11.März 2009 kurzfristig eingestellt werden musste, gewährte die russische Regierung unter Putin im April 2009 einen Kredit von rund 90 Millionen Euro. Laut Fluggesellschaft hatte sie jedoch das Geld nie erhalten.
Da KD Avia den Schuldenberg nicht abbauen konnte, wurden am 1. September 2009 keine Flugtickets mehr verkauft. Daraufhin entzog die russische Luftfahrtbehörde die Betriebslizenz zum 14. September 2009.