Zwar wurde die schweizer Darwin Airline schon im Jahr 2003 gegründet, konnte jedoch erst im Juli des darauffolgenden Jahres ihren Flugbetreib aufnehmen.
Vorausgegangen war die späte Erteilung der Betriebserlaubnis des Bundesamtes für Zivilluftfahrt und dem Erhalt der ersten Saab-2000.
Mit Sitz am Flughafen Lugano-Agno war die erste Destination Genf-Cointrin.
Bis zum Ende des Jahres kamen Paris-CDG, Rom und Wien hinzu. Möglich war diese Streckenerweiterung mit der Einführung einer weiteren Saab-2000.
2005 wurde Bern als zweites Standbein neben Lugano hinzugezogen.
Ein Jahr später wurde erstmals Köln in Deutschland bedient, gefolgt von weiteren Zielen, wie Amsterdam, London City und Palma de Mallorca.
Inzwischen besaß man sechs Saab-2000.
Im November 2010 wurde bekannt gegeben, dass Darwin Teile der Aktivitäten der in Genf ansässigen Baboo übernahm, was einen weiteren Flugzeugtyp in Form der DHC-8 Q400 in die Flotte brachte.
Genau drei Jahre später stieg Ethiad Airways mit 33,3% bei Darwin ein. Nach Außen wurde das mit einer neuen Bemalung gezeigt.
Weiterhin führte man mit der ATR-72 einen dritten Flugzeugtyp ein.
Ab 2015 wurde bekannt, dass Darwin in große finanzielle Schwierigkeiten steckte. Die Folge waren Streckenstreichungen und Entlassung von Personal.
Das ging so weit, dass am Ende des Jahres nur noch zwei Inlandstrecken übrig blieben.
Am 20.7.2017 wurden alle Anteile die nicht Darwin selbst gehörten an die belgische 4K Invest verkauft, welche auch Eigentümerin von Adria Airways war. Der neue Name sollte Adria Airways Switzerland lauten, jedoch kam es dazu nicht mehr, da Darwin Airline am 27.11.2017eine sogenannte Nachlassstundung einleitete.
Daraufhin wurde einen Tag später die Betriebserlaubnis vom Bundesamt für Zivilluftfahrt entzogen.
Darwin Airline meldete am 12.12.2017 Insolvenz an.