Air Puerto Rico Airlines wurde Anfang 1986 gegründet. Mit Shorts-330 nahm sie am 11.7.1986 von ihrer Heimatbasis San Juan den Flugbetrieb auf. Vorerst national tätig änderte sich dieses als die Fluggesellschaft die erste DC-9 leaste.
Mit ihr eröffnete Air Puerto Rico einen Low Fare Dienst nach Miami der mehrmals täglich bedient wurde. Mit der zweiten DC-9 schuf sie sich in Miami einen Standort von wo aus Santo Domingo und Perto Plata ins Streckennetz aufgenommen wurden.
Hier sah sich die noch junge Airline einer starken Konkurrenz seitens der amerikanischen Fluggesellschaften gegenüber. Air Puerto Rico schrieb spätestens jetzt rote Zahlen.
Anfang 87 musste sie den Flugbetrieb einstellen und retournierte die Flugzeuge.