Yves Lebret gründete 1963 Air Comores mit Sitz am Flughafen Moroni, der Hauptstadt der Komoren.
Mit mehreren Douglas DC-3 eröffnete man den Flugbetrieb und hat die einzelnen Inseln der Gruppe miteinander verbunden.
Als erstes ausländisches Ziel kam Dar es Salaam in Tansania hinzu, wofür man neue Flugzeuge benötigte.
Die Gesellschafft schaffte sich für diese Aufgabe eine DeHavilland DH-114 Heron 1B an, welche jedoch am 27.1.1968 beim Landeanflug  auf Moroni verunglückte.
Nun orderte man zwei NORD-262, die im April 1969 eintrafen. Weiterhin hatte die Gesellschaft noch je eine Piper Aztec und Apache, sowie zwei HP Herald im Bestand.
Mit Eintreffen der ersten Douglas C-54 / DC-4 im Oktober 1972, musterte Air Comores die betagten DC-3 und Heralds aus.
Das Streckennetz wurde inzwischen nach Mombasa erweitert, wobei nicht nur Passagiere befördert wurden, sondern auch Post und Fracht.
Ende 1974 erfolgte eine Umstrukturierung der Gesellschaft, die am 1.3.1975 unter den Namen Air Comores Société Nationale des Transport Aériens  neu gegründet wurde, wobei Air France 51 % und das Government of the Comorian 49% der Anteile hielt.
Nach wie vor war Moroni der Sitz der Gesellschaft. Im April 1977 übernahm das Government of the Comorian die Airline zu 100%.
1983 nahm man eine Fokker F-27 in Betrieb und nutzte die drei verbliebenen DC-4 nur noch für den Frachtcharter.
Obwohl bis zur Jahrtausendwende noch zwei Boeing B-737 geleast wurden, verliert sich hier die Spur der Gesellschaft.
Erst im Jahr 2004 wurde Air Comores International neues Leben eingehaucht. Die Regierung der Komoren und Air Bourbon waren hier federführend.
Mit einer Boeing B-737-400 für den Verkehr umliegend der Komoren und einer B-767 für die Langstrecken wurde der Betrieb abermals von Moroni aufgenommen.
Ziele waren unter anderen Dubai, Antananarivo, Johannesburg, Marseille, Mauritius, Mombasa, Nairobi, Paris, Dar es Salaam, Anlouan, Mayotte und Moheli.
Trotz dieser Bemühungen gelang es nicht wirtschaftlich zu arbeiten, so dass auch das dritte Kapitel von Air Comores im Jahr 2006 ihr Ende fand.