Der volle Name von Aeroperu lautete Empresa Nacional de Aeronavegación del Perú, SA. Diese Gesellschaft wurde im Mai 1973 mit Sitz in Lima gegründet und war vorerst im Inland tätig. Hierfür nutzte sie Fokker F-28.
Als das Streckennetz auf Städte in Florida, USA ausgedehnt wurden standen für diese Dienste Douglas DC-8 zur Verfügung.
Hauptaugenmerk von Aeroperu war aber nach wie vor Süd- und Mittelamerika. DC-10, B-727, B-757 und für kurze Zeit Lockheed L-1011 standen jetzt zur Verfügung.
Anfang der 80'er Jahre wurde Aeroperu privatisiert und zehn Jahre später fing Aeromexico an Anteile der Gesellschaft zu kaufen.
Einher ging diese Beteiligung mit der Änderung des Farbchemas an den Flugzeugen.
Durch Probleme, nicht nur bei Aeroperu, sondern auch bei Aeromexico verschärfte sich die finanzielle Lage der Gesellschaft so drastisch, dass sie am 10.3.1999 Konkurs anmelden musste.