Die mexikanische Fluggesellschaft mit Sitz in La Paz wurde 1960 gegründet. Bis zur Vereinheitlichung der Flotte durch die Einführung von McDonnell Douglas DC-9-14/-15 und-30 flog die Gesellschaft Anfangs Beech-18, Convair 340 und Douglas DC-3.
Von Baja California, daher die Namensgebung, flog man Charter im Inland und baute ein dichtes Streckennetz auf.
Mit der Einführung der oben aufgeführten Jets nahm man die recht einträgliche Strecke nach Los Angeles auf, gefolgt von San Diego und Phoenix.
Im Juli 2006 musste Aero California den Flugbetrieb für drei Monate einstellen. Der Grund war die Überschuldung der Gesellschaft.
Nachdem neue Geldquellen gefunden wurden konnte man die Aktivitäten eingeschränkt wieder aufnehmen.
Trotzdem wurde wieder ein Schuldenberg von knapp 26 Mio. $ angehäuft der am 24.7.2008 zum Konkurs von Aero California führte.