Noch fünfzehn Jahre nach dem 2.Weltkrieg flogen in der UDSSR im zivilen Sektor, und gerade im Kurzstreckenbereich, veraltetes Fluggerät wie die Lisunow Li-2, Iljuschin IL-12 und IL-14.
Es war an der Zeit ein Nachfolgetyp zu entwickeln und das Konstruktionsbüro Jakowlew machte sich Anfang der sechziger Jahre an die Arbeit um folgende Vorgaben zu realisieren.
Das neue Modell sollte in der Lage sein von unbefestigten Flugplätzen aus starten und landen zu können.
Des Weiteren sollte es moderne Strahltriebwerke besitzen und unabhängig von Gangways sein.
Das Ergebnis war ein dreistrahliges Flugzeug, wo die Triebwerke am Heck angebracht waren. Dadurch waren die Tragflächen aerodynamisch sauber. Auch hatte sie ein bordeigenes Hilfstriebwerk für das Anlassen der Triebwerke und der Klimatisierung der Kabine.
Weiterhin besaß das neue Flugzeug eine zusätzliche Fluggasttreppe, welche sich ebenfalls im Heck befand.
Der Erstflug fand am 21.10.1966 statt und für die weitere Erprobung wurden insgesamt fünf Prototypen gefertigt.
Am 30.9.1968 konnte Aeroflot den Liniendienst mit der Yak-40 aufnehmen. Die Maschine konnte bis zu 32 Passagiere über eine Strecke von 1700 km befördern.
Das neue Flugzeug wurde nicht nur von Aeroflot genutzt, denn man konnte sie unter anderen auch an Malev, Balkan, LOT und CSA verkaufen.
Die deutsche General Air  leaste fünf und die italienische Aertirrena insgesamt drei Exemplare. (siehe dort) Auch sogenannte "Drittairlines" erhielten dieses zuverlässige Flugzeug.
Des Weiteren nutzten viele Militärs des ehemaligen Ostblocks diese Maschine. Bei der NATO erhielt sie den Codenamen "Codling".
Nicht unerwähnt sollte bleiben, dass die Yak-40 auch ihre Schwächen hatte. So waren die Triebwerke etwas unterdimensioniert und so bot Jakowlew in Zusammenarbeit mit der Firma Skorot nach dem Produktionsende die Umrüstung auf Mantelstromstromtriebwerke vom Hersteller Textron-Lycoming an. Ausserdem war es im Heckbereich für die Passagiere sehr laut. Berichten zur Folge ging es wohl ins unerträgliche, wenn man einen Sitzplatz in der Nähe der Triebwerke hatte.
1976 lief die Produktion nach 1011 gebauten Exemplaren aus, zumal man sich inzwischen auch einem Nachfolgemuster widmete, der späteren YAK-42.